由于新生儿体温中枢发育不成熟，体温容易受到外界环境温度的影响而出现波动，有时与测量体温的方法有直接关系，所以要选择合适的体温计。通常来讲，玻璃水银体温计较好，价格较低廉，数值较准确，尤其是水银柱的体温计，结果较为准确。而电子体温计的读数较清晰，且便于测量，但是准确度不如水银体温计。此外，红外线的额温枪使用较方便，测量迅速，且不需要消毒，但是测量不够准确，仅适用于一般筛查体温的情况。
如果是在日常生活中观察、测量新生儿的体温，则可以用红外线额温枪或电子体温计。如果是在新生儿生病状态下测量体温，则建议使用水银体温计，使用前将水银计甩到35℃以下，然后测量腋窝、肛门或口腔的温度，体温计的前端要用酒精进行消毒，一般需要将体温计放置到测量部位5-10分钟。新生儿测量体温最准确、最方便的是肛门测量，一般是在医院由医务人员测量其肛门体温。在日常生活中，也可以选用电子体温计测量，但是读数不精准，仅可供参考。
在使用水银体温计时要特别注意动作要轻柔，以免玻璃破碎后扎伤新生儿皮肤，或者体温计内的汞外漏而出现汞中毒。如果新生儿出现体温升高的情况，可以及时带其到医院就诊，由医务人员测量体温，然后寻找导致体温升高的原因。