根據《深圳市機構改革方案》，中國共產黨深圳市委員會設置工作機關（副廳級）20個，工作機關管理的機關3個。中共深圳市委設置下列機構[5]：
中共深圳市委辦公廳
職能部門
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中共深圳市委組織部
中共深圳市委宣傳部
中共深圳市委統一戰線工作部
中共深圳市委社會工作部
中共深圳市委政法委員會
（組織部掛市公務員局牌子；宣傳部掛市精神文明建設辦公室、市新聞出版局牌子；統一戰線工作部掛市民族宗教事務局、市政府僑務辦公室牌子；社會工作部加掛市非公有制經濟組織和社會組織工作委員會牌子。）
辦事機構
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中共深圳市委政策研究室
中共深圳市委網絡安全和信息化委員會辦公室、中共深圳市委互聯網企業工作委員會
中共深圳市委外事工作委員會辦公室
中共深圳市委機構編制委員會辦公室
中共深圳市委軍民融合發展委員會辦公室、深圳市國防動員辦公室
中共深圳市委金融委員會辦公室、中共深圳市委金融工作委員會
中共深圳市委台灣工作辦公室
中共深圳市委港澳工作辦公室
中共深圳市委巡察工作領導小組辦公室
中共深圳市委老幹部局
（市委全面深化改革委員會辦公室設在市委政研室；市委全面依法治市委員會辦公室設在市司法局；市委國家安全委員會辦公室設在市委辦公廳；市委網絡安全和信息化委員會辦公室加掛市互聯網信息辦公室牌子；市委財經委員會辦公室設在市委政研室；市委外事工作委員會辦公室加掛市人民政府外事辦公室牌子；市委審計委員會辦公室設在市審計局；市委軍民融合發展委員會辦公室加掛市國防科技工業辦公室、市人民防空辦公室牌子；市委金融委員會辦公室加掛市地方金融管理局牌子；市委退役軍人事務工作領導小組辦公室設在市退役軍人局；市委人才工作領導小組辦公室設在市委組織部；市委教育工作領導小組辦公室設在市教育局；市委台灣工作辦公室加掛市人民政府台灣事務辦公室牌子；市委港澳工作辦公室加掛市人民政府港澳事務辦公室牌子。）
派出機關
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中共深圳市委直屬機關工作委員會
中共深圳市大鵬新區工作委員會
中共深圳市深汕特別合作區工作委員會
中共深圳市前海深港現代服務業合作區工作委員會
（教育工作委員會與市教育局合署辦公、衛生工作委員會與市衛生健康委員會合署辦公，不計入機構限額。）
直屬事業單位
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中共深圳市委黨校
深圳報業集團
深圳市社會主義學院
中共深圳市委黨史文獻研究室
深圳市檔案館
……
（市委黨校掛深圳行政學院、深圳經濟管理學院牌子；市委黨史研究室掛市人民政府地方志辦公室牌子。）
工作機關管理的機關
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中共深圳市委機要局，由市委辦公廳管理。
中共深圳市委保密委員會辦公室，由市委辦公廳管理。
深圳市人才工作局，由市委組織部管理。
（市委保密委員會辦公室掛市國家保密局牌子；市委機要局掛市密碼管理局牌子。）